As consultas ambulatoriais e eletivas na Santa Casa de São José do Rio Preto são agendadas pela Secretaria de Saúde da cidade, seguindo as orientações da Central de Regulação do Município.

Com relação aos exames via Sistema Único de Saúde (SUS), todos também são agendados pela Central de Regulação do Município; os pacientes que precisam de preparo são orientados por essa Central.

Já quem precisa de urgência e emergência é encaminhado via Serviço de Atendimento Móvel de Urgência (Samu). Ao dar entrada no hospital, o paciente é encaminhado à especialidade correspondente, como cardiologia ou ortopedia, por exemplo. O paciente de convênio que procurar por livre demanda a Santa Casa na urgência e emergência será atendido pelo plantonista, que tomará a conduta adequada e pedirá avaliação de especialista, se necessário.

As internações clínicas são realizadas após avaliação e solicitação de médico plantonista.

As cirurgias dividem-se em dois tipos: as eletivas e as de urgência/emergência. As urgências são solicitadas pelo plantonista da especialidade; já para as eletivas o paciente
precisa autorizar a guia no ambulatório de especialidade do SUS, agendando a cirurgia com o médico que a solicitou. Em todos os procedimentos cirúrgicos é requisitado que o paciente assine um termo, concordando com o procedimento que será realizado.